Logujemy się na serwer przez SSH i instalujemy certboc (https://certbot.eff.org/)
sudo vim /etc/apt/sources.list
deb http://ftp.debian.org/debian stretch-backports main
sudo aptitude update sudo aptitude install python-certbot-apache -t stretch-backports sudo certbot --apache
Przeklikujemy wizarda i już :) Certyfikat został zainstalowany i zadanie w CRON dodane. Będzie się automatycznie odnawiał co 90 dni
W kilku przypadkach musiałem użyć metody manualnej:
certbot run -a webroot -i apache -w /var/www/html -d example.com
Źródło: