W aktualnej wersji FilleZilla program pyta przy każdym połączeniu czy zaakceptować certyfikat SSL.
Można to wyłączyć dla pojedynczego hosta poprzez Site Manager.
Menu -> Site Manager
New Site -> [host] -> [port] -> Encryption -> Use plain FTP -> Logon Type -> Ask for password
Źródło: https://forum.filezilla-project.org/viewtopic.php?t=34883